ต่อมาในสมัยแผ่นดินสมเด็จพระมหาจักรพรรดิ (พ.ศ. 2099) “ตรัสว่า ไพร่บ้านพลเมือง ตรี จัตวา ปากไต้เข้าพระนครครั้งนี้น้อย หนีออกอยู่ป่าดงห้วยเขาต้อนไม่ได้เป็นอันมาก ให้เอาบ้านท่าจีนตั้งเป็น สาครบุรี” และข้อความในพงศาวดาร ไทยรบพม่าว่า “เพื่อจะให้สะดวกแก่การเรียกหาผู้คนเวลาเกิดศึกสงคราม จึงให้ตั้งเมืองขึ้นใหม่อีก 3 เมือง คือ ยกบ้านตลาดขวัญเป็นเมืองนนทบุรี เมือง 1 ยกบ้านท่าจีนเป็นเมืองสาครบุรีเมือง 1 แบ่งเอาเขตเมืองราชบุรีกับเมืองสุพรรณบุรีมารวมกัน ตั้งเป็นเมืองนครไชยศรีขึ้นอีกเมือง
จังหวัดสมุทรสาคร 